М. И. Чопей, К. С. Афанасьева, А. В. Сиволоб

Киевский национальный университет имени Тараса Шевченко, Украина;
e-mail: aphon@ukr.net; sivolob@univ.kiev.ua

Основным механизмом формирования трека ДНК при кометном электрофорезе нуклеоидов, получаемых после лизиса клеток с удалением мембран и большинства протеинов, является вытягивание к аноду отрицательно сверхспирализованных петельных доменов ДНК, закрепленных на протеинах, остающихся в нуклеоиде после лизиса. И состав этих остаточных протеиновых структур, и природа их особо прочной связи с основаниями петельных доменов остаются до сих пор неизученными. В данной работе мы исследовали влияние хлорокина, интеркалирующего в двойную спираль ДНК, а также агентов, вызывающих денатурацию протеинов, на эффективность формирования трека ДНК при кометном электрофорезе нуклеоидов. Полученные результаты свидетельствуют, что даже незначительная денатурация протеинов вызывает существенное снижение эффективности миграции петель за счет увеличения их размера. Аналогичный эффект наблюдается при индукции локальной раскрутки ДНК в сайтах интеркаляции хлорокина. Обсуждается возможность топологического характера связи оснований петель ДНК с протеинами нуклеоида, при котором протеины интеркалируют в двойную спираль.

Ключевые слова: денатурация протеинов, кометный электрофорез, нуклеоид, петельные домены ДНК, хлорокин